http://www.qiuworld.com/blog 欢迎来到糗糗的世界 Thu, 22 Dec 2011 14:00:26 +0000 hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.3.1 http://www.qiuworld.com/blog/archives/2240/comment-page-1#comment-768 admin Thu, 22 Dec 2011 14:00:26 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2240#comment-768 感谢您的留言，这是对我的鼓励。 感谢您的留言，这是对我的鼓励。

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2240/comment-page-1#comment-767 Jeffers Thu, 22 Dec 2011 08:10:39 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2240#comment-767 偶尔google到了这个Blog，总是进不去,不明所以...于是学会了翻墙，感觉博主做的真好！受益匪浅 偶尔google到了这个Blog，总是进不去,不明所以…于是学会了翻墙，感觉博主做的真好！受益匪浅

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2477/comment-page-1#comment-757 小李不再探花 Sun, 30 Oct 2011 22:15:42 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2477#comment-757 我最近也在学R，超级实用，收藏了。 我最近也在学R，超级实用，收藏了。

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2083/comment-page-1#comment-746 xqyang Mon, 24 Oct 2011 00:43:54 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2083#comment-746 @admin, 我是一个R语言分析芯片的新人，就是简单的用用SAM等程序，希望您以后有更加的新贴子！谢谢。 @admin, 我是一个R语言分析芯片的新人，就是简单的用用SAM等程序，希望您以后有更加的新贴子！谢谢。

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2083/comment-page-1#comment-736 mimisikai Mon, 10 Oct 2011 14:26:43 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2083#comment-736 @admin, 谢谢！请问我怎么给您？能留个email吗？ @admin, 谢谢！请问我怎么给您？能留个email吗？

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2083/comment-page-1#comment-735 admin Mon, 10 Oct 2011 11:09:24 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2083#comment-735 @mimisikai, 欢迎，也可以让我学习学习。 @mimisikai, 欢迎，也可以让我学习学习。

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2083/comment-page-1#comment-734 mimisikai Sun, 09 Oct 2011 20:57:27 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2083#comment-734 hi 您好！ 不知道您是否可以帮我review一下 我写的关于Affy U133plus2 分析的pipeline？ hi 您好！
不知道您是否可以帮我review一下 我写的关于Affy U133plus2 分析的pipeline？

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2083/comment-page-1#comment-733 admin Sat, 08 Oct 2011 12:25:54 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2083#comment-733 处理过一些，但从未遇到你说的这个情况。我觉得很可能是你需要自己设定annotation和columns。具体的，需要你把进一步的信息给我，比如说文件头。 处理过一些，但从未遇到你说的这个情况。我觉得很可能是你需要自己设定annotation和columns。具体的，需要你把进一步的信息给我，比如说文件头。

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2083/comment-page-1#comment-731 mimisikai Fri, 07 Oct 2011 18:25:45 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2083#comment-731 @admin, 太感谢您了！感谢您的耐心讲解！ 不知道您是否处理过Agilent的数据，我发现它的数据结构上，在结果中不显示有些未标识的基因，导致实际结果的probe数和设计probe数量不一致，使得后续用limma或者marray处理时，总是报错。 @admin, 太感谢您了！感谢您的耐心讲解！
不知道您是否处理过Agilent的数据，我发现它的数据结构上，在结果中不显示有些未标识的基因，导致实际结果的probe数和设计probe数量不一致，使得后续用limma或者marray处理时，总是报错。

]]> http://www.qiuworld.com/blog/archives/2083/comment-page-1#comment-726 admin Thu, 06 Oct 2011 21:21:47 +0000 http://www.qiuworld.com/blog/?p=2083#comment-726 @mimisikai, topTable是非常常用的一种函数，简单地来讲，就是显示表格排序最靠前的部分，因为有排序，所以就会要求选择sort.by。选择sort.by就是在问你对什么最感举兴趣，你如果对foldChange最感兴趣，你就选logFC，如果你认为p.value最重要就选p，如果你认为t检验的值最重要，就选t。或者说你觉着limma本身给的评分最重要，就选B。按我的经验，这个时候一般都使用logFC或者B值。而且一般地，我都会将number设置成nrow(fit)，其中fit就是你传入的线性拟合的结果，这样呢，就可以把所有的值全部都拿到，以方便以后改变主意，想换换其它的排序方法。至于decideTests中的method方法，简单地来讲,separate就是等同于使用topTable，并且以B值排序，global就是使用t检验，hierarchical就是使用聚类分析，而nestedF和t检验很类似，它使用的是F检验。至于F检验和t检验的差别就在于F检验验的首先是样本之间的方差是否相同，如果相同就接着使用t检验，如果不同，就是使用t'检验。这个nested之外的意思就是会比直接使用t-test多花些准备的工夫，但很有可能在结果的准确性上更好。 @mimisikai, topTable是非常常用的一种函数，简单地来讲，就是显示表格排序最靠前的部分，因为有排序，所以就会要求选择sort.by。选择sort.by就是在问你对什么最感举兴趣，你如果对foldChange最感兴趣，你就选logFC，如果你认为p.value最重要就选p，如果你认为t检验的值最重要，就选t。或者说你觉着limma本身给的评分最重要，就选B。按我的经验，这个时候一般都使用logFC或者B值。而且一般地，我都会将number设置成nrow(fit)，其中fit就是你传入的线性拟合的结果，这样呢，就可以把所有的值全部都拿到，以方便以后改变主意，想换换其它的排序方法。至于decideTests中的method方法，简单地来讲,separate就是等同于使用topTable，并且以B值排序，global就是使用t检验，hierarchical就是使用聚类分析，而nestedF和t检验很类似，它使用的是F检验。至于F检验和t检验的差别就在于F检验验的首先是样本之间的方差是否相同，如果相同就接着使用t检验，如果不同，就是使用t’检验。这个nested之外的意思就是会比直接使用t-test多花些准备的工夫，但很有可能在结果的准确性上更好。

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