首先升级到最新的firmware,这一步是为了可以使用ssh登录。如果你是第一次登录的话，密码是空的。
qiuworld$ ssh root@192.168.2.2
root@192.168.2.2's password:
Last login: Thu Jan 1 10:08:45 1970 from 192.168.2.3
Linux (none) 2.6.10_mvl401_AG_NAS_3.1.1.exported #1 Thu Sep 6 11:57:38 JST 2007 armv5tejl GNU/Linux
Welcome to MontaVista(R) Linux(R) Professional Edition 4.0.1 (0502020).
root@(none):~#系统时间非常不正确。
root@(none):~# date --set "Wed Jan 18 23:21:21 JST 2012" Wed Jan 18 23:21:21 JST 2012
安装funplug，funplug的作用是安装编译好的软件。因为NAS一般都不带有编译环境，所以使用编译好[......]
首先声明，这里并不是我用perl来写个算法。如果需要算法相关的东西，得去看文献。
这里，其实只是借对格兰氏阳性细菌蛋白质定位的预测为例，来说明如何利用他人提供的在线查询功能来实现批处理。
假设现在有一个完整的基因组需要您去预测它当中的每一个开放阅读框翻译出来的蛋白质可能的细胞内定位，怎么办呢？手工一个一个提交到网站上去？一共会有四五千个蛋白，等你提交完，你的手和大脑都会不工作了吧？要不自己下载个软件来本地预测吧？我试过去安装那些要求的软件环境，也许是我的系统过新吧，一个c语言库的版本，一个g77让我就头大得不知道该怎么继续下去。于是我还是下定决心，用perl的lwp来伪装成浏览器提交申请，自动批处理吧。也许一觉醒来，全部都做完了。
我们要用到的网站是http://www.psort.org/psortb/。据网站上宣传，Based on a study last performed in 2010, PSORTb v3.0.2 is the most precise bacterial localization prediction tool available. 第二个原因就是can currently submit one or more Gram-positive or Gram-negative bacterial sequences or archaeal sequences in FASTA format。这对于研究格兰氏阳性菌的我来说的确很不错的网站。
最基本的，用lwp来虚拟提交一份表单上去：
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 | #!/usr/bin/perl use LWP::UserAgent; $ua = LWP::UserAgent->new; $ua->agent("Mozilla 8.0 beta"); use HTTP::Request::Common qw(POST); my $req = (POST 'http://www.psort.org/psortb/results.pl', ["seq" => ">$genes{name}\n$genes{translation}", "organism" => "bacteria", "gram"=>"positive", "advancedgram"=>"none", "format"=>"long", "sendresults"=>"display"); $request = $ua->request($req); print $request->as_string; |
结果得到的，怎么都是500 Internal Server Error。于是在网上狂google，也没有找到直接的答案。半夜两点，突然想起，为什么不自己想法来解决问题。于是开始用tcpdump抓包，对比从firefox发送出去的包和perl发送出去的包，具体看看有什么不同。[......]
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