首先声明，这里并不是我用perl来写个算法。如果需要算法相关的东西，得去看文献。
这里，其实只是借对格兰氏阳性细菌蛋白质定位的预测为例，来说明如何利用他人提供的在线查询功能来实现批处理。
假设现在有一个完整的基因组需要您去预测它当中的每一个开放阅读框翻译出来的蛋白质可能的细胞内定位，怎么办呢？手工一个一个提交到网站上去？一共会有四五千个蛋白，等你提交完，你的手和大脑都会不工作了吧？要不自己下载个软件来本地预测吧？我试过去安装那些要求的软件环境，也许是我的系统过新吧，一个c语言库的版本，一个g77让我就头大得不知道该怎么继续下去。于是我还是下定决心，用perl的lwp来伪装成浏览器提交申请，自动批处理吧。也许一觉醒来，全部都做完了。
我们要用到的网站是http://www.psort.org/psortb/。据网站上宣传，Based on a study last performed in 2010, PSORTb v3.0.2 is the most precise bacterial localization prediction tool available. 第二个原因就是can currently submit one or more Gram-positive or Gram-negative bacterial sequences or archaeal sequences in FASTA format。这对于研究格兰氏阳性菌的我来说的确很不错的网站。
最基本的，用lwp来虚拟提交一份表单上去：
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 | #!/usr/bin/perl use LWP::UserAgent; $ua = LWP::UserAgent->new; $ua->agent("Mozilla 8.0 beta"); use HTTP::Request::Common qw(POST); my $req = (POST 'http://www.psort.org/psortb/results.pl', ["seq" => ">$genes{name}\n$genes{translation}", "organism" => "bacteria", "gram"=>"positive", "advancedgram"=>"none", "format"=>"long", "sendresults"=>"display"); $request = $ua->request($req); print $request->as_string; |
结果得到的，怎么都是500 Internal Server Error。于是在网上狂google，也没有找到直接的答案。半夜两点，突然想起，为什么不自己想法来解决问题。于是开始用tcpdump抓包，对比从firefox发送出去的包和perl发送出去的包，具体看看有什么不同。[......]
当我们在使用statusnet当中的google map时，发现那个放大缩小的level条不见了。这样很不方便使用。加上它其实并不难。打开\plugins\Mapstraction\js\mxn.google.core.js文件，在原代码：
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | mxn.register('google', { Mapstraction: { init: function(element,api) { var me = this; if (GMap2) { if (GBrowserIsCompatible()) { this.maps[api] = new GMap2(element); GEvent.addListener(this.maps[api], 'click', function(marker,location) { ... |
改变为：
42648ae1c8a6561753bf8db55c41b71[......]
感觉以前用于签名档的小笑话时而温习一下还挺搞乱的，丢了太可惜了，于是把现在还存留的都贴过来。
如今，北大的学生治死人了，复旦的学生玩跳楼了，南大的学生寂寞门了，浙大的 学生70码了，北航的学生军训“走”了，武大的事多得说不过来了，哈工甲流悲剧了~ 在这个各大高校都充满杀机的年代里，想在一流大学里平安完成四年学业请认准河南大 学！ – Mar. 23
假新闻，中国没有纸包子，没有地沟油。 – Mar. 24
在中国，你说不拆，肯定把你拆了。我就这一句话，这就是我们为什么在全世界牛逼。 – Mar. 26
google将更名为人民搜索，重新进入中国市场。 – Mar. 31
怎样才能加入5毛党？ 和另一个五毛凑一块加入 – Apr. 5
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