糗世界 » 程序员

MZK-NAS02上构架轻小型网站服务器(lighttpd, mysqld, php-mysql)

admin — Thu, 19 Jan 2012 21:02:01 +0000

首先升级到最新的firmware,这一步是为了可以使用ssh登录。如果你是第一次登录的话，密码是空的。

qiuworld$ ssh root@192.168.2.2
root@192.168.2.2's password: 
Last login: Thu Jan  1 10:08:45 1970 from 192.168.2.3
Linux (none) 2.6.10_mvl401_[......]

R安装遇到的两个小问题

admin — Wed, 04 Jan 2012 20:15:00 +0000

1，出现Error in readRDS(file) : error reading from the connection错误。出现的原因，安装过程中死机，导致安装不完整。解决办法，在Ｒ当中

> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib64/R/library"

进入/usr/local/lib64/R/library下删除最新安装的所有libra[......]

No irq handler for vector

admin — Wed, 04 Jan 2012 15:48:19 +0000

在安装了CentOS6.2之后，遇到了传说中的 kernel:do_IRQ: 3.189 No irq handler for vector (irq -1) 错误。其中3.189不一定，可能是0.189, 1.89, 2.189 ...。这里，189是IRQ中断号，而前面的数字，我推测，应该是CPU号。在网上查了无数资料，大多数人给出的答案是修改boot文件参数，加上pci=noms[......]

Circos系列教程（四）连线 links

admin — Fri, 23 Dec 2011 05:45:38 +0000

这一节的目标是画出下面的图 [caption id="attachment_2580" align="alignnone" width="400" caption="连线"][/caption] 所谓连线，就是连接染色体组两个不同位置的线。这是circos的最主要目的及用途之一。[......]

Circos系列教程（三）突出标记Highlight

admin — Fri, 23 Dec 2011 04:25:06 +0000

这一节的目标是画出下面的图 [caption id="attachment_2570" align="alignnone" width="400" caption="亮显强调"][/caption] 所谓突出标记，或者说亮显强调，多是通过大的反差明显或者符合色彩心理学的色块来将数据分组强调出来。在使用circos绘制基因组时，可以使用这一办法，将不同区域同一组内的基因亮显出来。[......]

R数据分析当中的化整为零（Split-Apply-Combine）策略

admin — Mon, 12 Dec 2011 16:58:50 +0000

本文心得自：The Split-Apply-Combine Strategy for Data Analysis, Hadley Wickham, Journal of Statistical Software, April 2011, V.40.

引子：我们常常会遇到这样的问题，数据量很大，并不需要依顺序来依次处理。合理分块处理，并最终整合起来是一个不错的选择。这也就是所谓的Split-Apply-Combine Strategy策略。这在速度上会有比做一个loop有优势，因为它可以并行处理数据。

什么时候我们需要使用到化整为零的策略呢？有以下三种情况：

数据需要分组处理
数据需要按照每行或者每列来处理
数据需要分级处理，和分组很类似，但是分级时需要考虑分级之间的关系。

化整为零策略有点类似于由Google推广的map-reduce策略。当然map-reduce策略的基础是网格，而这里的Split-Apply-Combine的基础完全可以是单机，甚至不支持并行处理的单机都可以。然而，化整为零并不是一个很直观的编程过程。最直观的过程是使用Loop循环。这里使用一个例子来讲解一下如何实现化整为零策略。在plyr包中有数据ozone,它是一个三维矩阵(24X24X72)，其中最后一维72是指的6年12个月每个月的结果。也就是ozone是一个包括了连续72个月24Ｘ24的三维矩阵数据。三维分别是lat,long,time。我们需要由对时间robust linear model之后的残基residuals。

> library(plyr) # need for dataset ozone
> library(MASS) # need for function rlm
> month < - ordered(rep(1:12, length=72)) #set time sequence
> #try one set
> one < - ozone[1,1,]
> model < - rlm(one ~ month - 1); model
Call:
rlm(formula = one ~ month - 1)
Converged in 9 iterations

Coefficients:
  month1   month2   month3   month4   month5   month6   month7   month8   month9  month10  month11  month12 
264.3964 259.2036 255.0000 252.0052 258.5089 265.3387 274.0000 276.6724 277.0000 285.0000 283.6036 273.1964 

Degrees of freedom: 72 total; 60 residual
Scale estimate: 4.45 
> deseas < - resid(model)

[......]

apache server停止响应了应该怎么办？

admin — Tue, 06 Dec 2011 17:48:26 +0000

写了一个php页，但是总是运行到一半的时候停止响应，页面停留在上一页上。第一步，先ping服务器，看服务器是否死机或者脱网。ping IP.如果并非物理性脱网，服务器可能受到了DDoS攻击。第二步，如果服务器没有脱网，登录服务器，ssh xxx@xxx.com。如果远程登录不了，就超出了本文的范围。如果可以登录，需要留看内存，cpu占用情况。

[qiuworld@qiuwor[......]

mac OS下R安装universal版本的package

admin — Mon, 05 Dec 2011 17:19:40 +0000

需要在mac OS X 10.6.8 (snowleopard) 下安装Rgraphviz。直接使用biocLite无法正常安装。手动安装步骤如下， 1. 下载安装graphviz. 2. 下载Rgraphviz源文件。使用如下命令：

R CMD INSTALL Rgraphviz_1.33.0.tar.gz

3. 安装完成之后在R_32位版本中会提示：

Erro[......]

jquery 1.4.2版在IE下不响应$(“select”).live(“change”,function(){})的解决

admin — Wed, 30 Nov 2011 15:39:39 +0000

使用旧版的jquery 1.4.2时，在IE下不响应select的change事件(event)，试过很多办法，包括bind("change click",...)等等，都没有效果。无意间在使用了.delegate()，意外发现问题得到解决。在调用$(selector).live("change",)前，加入下面的语句：

if($.browser.msie){
	$("body")[......]

在centOS 5上安装HTSeq

admin — Tue, 15 Nov 2011 22:22:54 +0000

安装HTSeq，需要Python版本在2.5以上(但是在Python 3下不行)，并且需要安装NumPy。如果已经安装了NumPy的话，安装HTSeq并不困难。但是如果没有安装的话，可能会比较麻烦。首先，需要安装python 2.5以上的版本。因为centOS 5所带的Python版本是2.4，无法满足HTSeq的安装要求。但是，我并不建议直接升组安装python2.5以上的版本，因为yum等很多功能都由python来实现，所以我的办法是全新安装一个python的版本到一个指定的目录下面去。下载并安装Python 2.7.2.

[ouj@qiuworld.com ~]$ tar -xzvf Python-2.7.2.tgz
[ouj@qiuworld.com ~]$ cd Python-2.7.2
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo yum install tcl #需要安装tcl/tk库
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo yum install tcl-devel
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo yum install tk
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo yum install tk-devel
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ ./configure --prefix=/opt/python2.7 --with-threads --enable-shared
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ make
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo make install
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo ln -s /opt/python2.7/bin/python /usr/bin/python2.7
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo echo '/opt/python2.7/lib'>> /etc/ld.so.conf.d/opt-python2.7.conf
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo /sbin/ldconfig
[ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ python2.7
Python 2.7.2 (default, Nov 14 2011, 17:02:46) 
[GCC 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-51)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
ImportError: No module named numpy

如果不新建/etc/ld.so.conf.d/opt-python2.7.conf文件并在当中写入一行/opt/python2.7/lib，将会得到如下错误：[......]