首先升级到最新的firmware,这一步是为了可以使用ssh登录。如果你是第一次登录的话，密码是空的。
qiuworld$ ssh root@192.168.2.2
root@192.168.2.2's password:
Last login: Thu Jan 1 10:08:45 1970 from 192.168.2.3
Linux (none) 2.6.10_mvl401_AG_NAS_3.1.1.exported #1 Thu Sep 6 11:57:38 JST 2007 armv5tejl GNU/Linux
Welcome to MontaVista(R) Linux(R) Professional Edition 4.0.1 (0502020).
root@(none):~#系统时间非常不正确。
root@(none):~# date --set "Wed Jan 18 23:21:21 JST 2012" Wed Jan 18 23:21:21 JST 2012
安装funplug，funplug的作用是安装编译好的软件。因为NAS一般都不带有编译环境，所以使用编译好[......]
1， 出现Error in readRDS(file) : error reading from the connection错误。
出现的原因，安装过程中死机，导致安装不完整。
解决办法，
在Ｒ当中
> .libPaths() [1] "/usr/local/lib64/R/library"
进入/usr/local/lib64/R/library下删除最新安装的所有library。将BiocInsta[......]
Tags: bioconductor
本文心得自：The Split-Apply-Combine Strategy for Data Analysis, Hadley Wickham, Journal of Statistical Software, April 2011, V.40.
引子：
我们常常会遇到这样的问题，数据量很大，并不需要依顺序来依次处理。合理分块处理，并最终整合起来是一个不错的选择。这也就是所谓的Split-Apply-Combine Strategy策略。这在速度上会有比做一个loop有优势，因为它可以并行处理数据。
什么时候我们需要使用到化整为零的策略呢？有以下三种情况：
- 数据需要分组处理
- 数据需要按照每行或者每列来处理
- 数据需要分级处理，和分组很类似，但是分级时需要考虑分级之间的关系。
化整为零策略有点类似于由Google推广的map-reduce策略。当然map-reduce策略的基础是网格，而这里的Split-Apply-Combine的基础完全可以是单机，甚至不支持并行处理的单机都可以。
然而，化整为零并不是一个很直观的编程过程。最直观的过程是使用Loop循环。这里使用一个例子来讲解一下如何实现化整为零策略。在plyr包中有数据ozone,它是一个三维矩阵(24X24X72)，其中最后一维72是指的6年12个月每个月的结果。也就是ozone是一个包括了连续72个月24Ｘ24的三维矩阵数据。三维分别是lat,long,time。我们需要由对时间robust linear model之后的残基residuals。
> library(plyr) # need for dataset ozone > library(MASS) # need for function rlm > month < - ordered(rep(1:12, length=72)) #set time sequence > #try one set > one < - ozone[1,1,] > model < - rlm(one ~ month - 1); model Call: rlm(formula = one ~ month - 1) Converged in 9 iterations Coefficients: month1 month2 month3 month4 month5 month6 month7 month8 month9 month10 month11 month12 264.3964 259.2036 255.0000 252.0052 258.5089 265.3387 274.0000 276.6724 277.0000 285.0000 283.6036 273.1964 Degrees of freedom: 72 total; 60 residual Scale estimate: 4.45 > deseas < - resid(model)
UTF8_E[......]
Tags: bioconductor, 教程, 编程
安装HTSeq，需要Python版本在2.5以上(但是在Python 3下不行)，并且需要安装NumPy。如果已经安装了NumPy的话，安装HTSeq并不困难。但是如果没有安装的话，可能会比较麻烦。
首先，需要安装python 2.5以上的版本。因为centOS 5所带的Python版本是2.4，无法满足HTSeq的安装要求。但是，我并不建议直接升组安装python2.5以上的版本，因为yum等很多功能都由python来实现，所以我的办法是全新安装一个python的版本到一个指定的目录下面去。
下载并安装Python 2.7.2.
[ouj@qiuworld.com ~]$ tar -xzvf Python-2.7.2.tgz [ouj@qiuworld.com ~]$ cd Python-2.7.2 [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo yum install tcl #需要安装tcl/tk库 [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo yum install tcl-devel [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo yum install tk [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo yum install tk-devel [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ ./configure --prefix=/opt/python2.7 --with-threads --enable-shared [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ make [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo make install [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo ln -s /opt/python2.7/bin/python /usr/bin/python2.7 [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo echo '/opt/python2.7/lib'>> /etc/ld.so.conf.d/opt-python2.7.conf [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ sudo /sbin/ldconfig [ouj@qiuworld.com Python-2.7.2]$ python2.7 Python 2.7.2 (default, Nov 14 2011, 17:02:46) [GCC 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-51)] on linux2 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import numpy Traceback (most recent call last): File "", line 1, in ImportError: No module named numpy
如果不新建/etc/ld.so.conf.d/opt-python2.7.conf文件并在当中写入一行/opt/python2.7/lib，将会得到如下错误：[......]
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